季節(jié)は過ぎ、もうすぐ二度目の春――。劣等生の兄と、優(yōu)等生の妹。ふたりの魔法科高校での生活は、その一學(xué)年目を終えようとしていた。達(dá)也、そして深雪たちは春休みを利用して、小笠原諸島のとある別荘へと休暇に訪れていた。束の間の休息に羽根を伸ばす達(dá)也たち。しかし、そんな達(dá)也たちの前にひとりの少女“九亜”が現(xiàn)れる。海軍基地から脫走してきたその少女は達(dá)也にひとつの願いを告げる――。