在1999年，一艘外星宇宙戰(zhàn)艦墜落到了地球，人們用了了十年的時(shí)間修復(fù)并取名為"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在舉辦一場(chǎng)偶像歌星林明美（飯島真理配音）的演唱會(huì)，突然空襲警報(bào)響起，要塞開始了變形。戰(zhàn)斗中，一條輝（長(zhǎng)谷有洋配音）駕駛著變形戰(zhàn)斗救下一名少女，戰(zhàn)機(jī)卻由于速度過(guò)快撞進(jìn)外層艙室。安定后，輝發(fā)現(xiàn)救得是林明美。倆人相識(shí)后，為使明美高興，輝偷開教練機(jī)帶著明美去兜風(fēng)。敵人趁機(jī)出現(xiàn)，好在朋友這時(shí)挺身相救，經(jīng)過(guò)一場(chǎng)混戰(zhàn)，輝和早瀨未沙（土井美加配音）醒過(guò)來(lái)，發(fā)現(xiàn)在一個(gè)荒蕪的星球上。他們了解到，五十萬(wàn)年前，一個(gè)叫"普羅多"的古代文明發(fā)展到頂盛時(shí)，已經(jīng)可以借遺傳密碼無(wú)性繁殖后代，于是國(guó)家分裂為由男性組成的"杰特拉帝"和由女性組成的"赫而特蘭帝"開始了長(zhǎng)達(dá)數(shù)萬(wàn)年的戰(zhàn)爭(zhēng)。在戰(zhàn)爭(zhēng)中文明急劇衰退了，曾經(jīng)偉大的文化被遺忘殆盡，退化成了只會(huì)戰(zhàn)斗的種族，為了維護(hù)和平，他們將會(huì)采取怎樣的行動(dòng)……《超時(shí)空要塞》是1982至83年間播出的一部電視動(dòng)畫，本片在其基礎(chǔ)上精簡(jiǎn)改編而成。