愁云慘淡的明治時代，曾遭到新政府利用和背叛的志志雄真實（池田政典配音）從地獄活轉，而今他的陰影籠罩在和平年代的上空。似乎與此同時，緋村劍心（涼風真世配音）以及伙伴們皆明了志志雄的真正目的，即利用京都大火的混亂進軍大阪。以此為契機，劍心、齋藤、相樂左之助分頭向大阪挺進，而薰、彌彥、比谷清十郎以及京都御庭番眾則留守戒備，隨時迎接志志雄爪牙的入侵。瀨田宗次郎、破軍、四乃森蒼紫等絕世高手相繼登場，與原作大相徑庭的經典對決，漸次拉開序幕……本片根據和月伸宏的同名漫畫改編，為動畫版上映15周年紀念作。